di soluzioni ce ne sono tante...
una è per esempio è clic destro sulla root -> togliere "browsable"
il comportamento che stai riscontrando è voluto.
prima non era così, e ho dovuto anzi lavorarci per ottenerlo.
mi rendo conto che possa non andare incontro a tutte le esigenze (nulla ha tale proprietà), ma ho pensato che se uno protegge la root, allora vuole proteggere tutto.
chiaramente ci possono essere entrambe le esigenze (proteggere tutto, o solo i file), ma tra le due ho deciso di scegliere "tutto" per 2 motivi:
1) se uno si aspetta che tutto sia protetto, e invece non lo è, sorge un rischio sicurezza
2) chi vuole mettere la password solo ai file/cartelle, può sempre spostare tutto in una cartella X e proteggere quella.